Das ist einfach zu erklären.
Das "flackern" ist lediglich die Hintergrundfarbe deines HTML-Dokumentes (du hast bestimmt ein Beispiel von krpano genutzt).

Da Du unglücklicherweise auch noch bei einem Hotspot das Panorama komplett verlässt und eine neue HTML-Seite lädst, sieht man dies wieder.

Diese farbe kannst Du in der beiliegenden .css-Datei ändern.
Aber diesen Effekt so richtig umgehen kannst Du nur, wenn Du Deine Panos innerhalb des Players überblendest -> loadpano() .

Kann auch sein, dass das CSS direkt im HTML drin steht.

Der Unterschied zwischen loadscene und loadpano besteht lediglich im Aufbau der Tourstruktur.
Bei loadpano wird eine neue XML aufgerufen, aber ohne das eigentliche Pano (Viewer) zu verlassen.
Es werden einfach alle Einstellungen überschrieben (je nach Einstellung).

Bei loadscene sind alle Panoangaben in einer einzigen XML drin und innerhalb dieser wird hin und hergesprungen (ähnlich ankern in html).

Ich persönlich bevorzuge loadpano, da ich dadurch den code schlank und sauber getrennt nach pano halten kann.
bei kleinen touren kann aber loadscene auch sinnvoll sein, je nach eigenem geschmack.